26 квітня 2006 р. з нагоди 20-ї річниці катастрофи на атомній електростанції в Чорнобилі Святійший Патріарх Київський і всієї Руси-України Філарет взяв участь у поминальних заходах. Зранку він у співслужінні понад тридцяти священиків м. Києва відправив панахиду біля Свято-Миколаївського храму-пам’ятника поруч з меморіальним комплексом пам’яті жертв Чорнобиля в Шевченківському районі Києва. «Чорнобильська трагедія стала причиною смерті та хвороб багатьох людей» – відзначив Патріарх.
«Тому сьогодні, в день сумної річниці, ми молимося за упокоєння загиблих та за дарування здоров’я тим, хто захворів від наслідків катастрофи. Аварія в Чорнобилі нагадала людству про те, що воно не всесильне, що його наукові та технічні досягнення не тільки не можуть позбавити цей світ проблем і страждань, але й можуть бути їхньою причиною». Цього дня поминальні службу пройшли також у багатьох храмах Київського Патріархату по всій Україні.
Ввечері Святійший Патріарх Філарет, якого супроводжували настоятель Володимирського собору протоієрей Борис Табачек, прес-секретар Київської Патріархії ігумен Євстратій, проректор КДАіС протоієрей В’ячеслав Стрєльцов та благочинний Академічного храму св. Іоанна Богослова КДАіС протоієрей Петро Ландвитович були присутні на концерті-реквіємі пам’яті жертв Чорнобиля, який відбувся в Національній опері України. На реквіємі були присутні Прем’єр-міністр України Юрій Єхануров, члени Українського уряду та інші офіційні особи.
Варто відзначити також той прикрий факт, що представники Київського Патріархату не змогли взяти участь у поминальній молитві в самій Чорнобильській зоні, яка відбулася цього дня. Представник Київської облдержадміністрації, який відповідав за організацію заходів в Чорнобилі, повідомив Київську Патріархію, що там молитву звершуватимуть тільки представники Московського Патріархату, а представник Київського Патріархату зможе сказати промову.
Вважаючи своїм обов’язком звершувати молитву, а не просто говорити промови, та вважаючи такий порядок проведення заходу принизливим для Київського Патріархату, було вирішено утриматися від участі в ньому. Цей прикрий інцидент підтвердив правоту заяв Київського Патріархату про те, що на місцевому рівні представники влади не завжди дотримуються принципу рівного ставлення до різних конфесій.
